server.xmlのConnector要素でuseBodyEncodingForURI="true"にしないと、
GETパラメータをsetCharacterEncodingに従ってデコードしてくれず、文字化けする。
useBodyEncodingForURI設定なし

↓
useBodyEncodingForURI="true"

参考
digidesign.com Japanese pages - KazMuzik Blog
Tomcat5.xよりGETの場合setCharacterEncodingは無視される - SEの行き着くところ...
Tomcatの設定 - Asterisk-works Wiki